Muchos tipos diferentes de bacterias pueden causar la meningitis bacteriana. En los recién nacidos, las causas más comunes son estreptococos del grupo B, Escherichia coli y, con menor frecuencia, Listeria monocytogenes. En niños mayores, las bacterias Estreptococo pneumoniae (neumococo) y Neisseria meningitidis (meningococo) son las causas más frecuente.
Otra bacteria, Haemophilus influenza tipo b (HIB), también puede causar la enfermedad, pero, dado la inmunización generalizada en la infancia, estos casos ahora son menos frecuentes.
De manera similar, muchos virus diferentes pueden derivar en meningitis viral, incluidos los enterovirus, como el virus de Coxsackie y el virus de la polio, y el virus del herpes.
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